ב-1995, בעקבות משבר כספי וניהולי בתיאטרון "הבימה", מונה אגמון למנכ"ל ולמנהל אמנותי של התיאטרון. לצידו התמנה כונס הנכסים הרשמי כנאמן מטעם המדינה לפקח על פעילות התיאטרון. אגמון לא הצליח לחלץ את התיאטרון מהגירעון התקציבי, ולקראת סיום כהונתו גבר המשבר הפיננסי. מבחינה אמנותית, ניסה אגמון להפנות מאמצים לכיוון מחזות פופולריים. במסגרת זאת העלה את ההצגה "מרי לו", המבוססת על שיריו של הזמר צביקה פיק, "מונולוגים מהווגינה", "הברווזון", "מאמי" ומחזה על חייו של אריס סאן. מלבדם העלה התיאטרון הצגות מהרפרטואר המוכר שלו: "מחכים לגודו", "מותו של סוכן", "מדיאה", "טנגו", "תמרה", "קופסה שחורה", ואת המחזמר "בוסתן ספרדי", שהוצג כ-2,500 פעמים, מספר שיא בתיאטרון הישראלי.
,
